Kepsut İlçesi içerisinde kalan ve kaynaklarını yüksek kesimlerden alan akarsular Susurluk çayına doğru akış istikameti gösterirler. Sahada ana akar su konumundaki Susurluk çayı bütün kolları bünyesine alarak, bir dizi boğazı ve ovayı katederek, Marmara denizine dökülür. Bu nedenle ilçenin akarsuları, Türkiye akarsu havzaları ayrımında, Marmara akarsu havzasına dahil edilir. Önemli akarsular arasında da Kille, Değirmencik, Keçi ve Darıçukuru dereleri sayılabilir.
Kepsut ilçesi sınırlarında Neojen ve Kuaterner’e ait formasyonlar esas olarak akifer özelliği gösteren birimlerdir. Yer altı suyu bakımından paleozoik ve mesozoik formasyonlarının bulunduğu alanlara oranla daha zengin olan Neojen ve Kuaterner’e ait arazilerin geniş alanlar kaplaması avantaj olarak değerlendirilebilir.
Kepsut’un yer altı suyu drenaj alanı yaklaşık 2073 km², emniyetli verimi ise 9,4h³/yıl’dır. Yer altı suyu kalitesi ise S₂C1 harfleri ile ifade olunan iyi kalitelidir.
Kepsut ovasında kenar kısımlarında yer altı suyu yüzeyden ortalama 20-30 m. derinlikte iken, ovanın ortasına açılan kuyular, oldukça sığdır. (5-6 m. kadar). Bu durum alüvyal materyalden meydana gelen ovanın yer altı suyu (taban suyu) yönünden son derece zengin olduğunu göstermektedir.
Kepsut ilçesinde yer altı suyu açısından karşılaşılan en büyük sorunlar arasında, yeraltı suyu kirliliği, derin sondajlar yardımıyla, yer altı suyu seviyesini bozacak miktarda çekilen sanayi suyu ile kum ocaklarının bilinçsizce işletilmesine bağlı olarak akarsu yatağının derinleşmesi ile alçalan taban suyu seviyesi sayılabilir.
Kepsut ilçesi sınırları içerisinde iki önemli soğuksu kaynağı ile bir de sıcak su kaynağı bulunmaktadır. Soğuk su kaynaklarından ilki Suçıktı kaynağıdır. 100 m. kotta 16ºC ve 475 h/sn (4.10.1987) debisi olan kaynak kireçtaşları içerisinden çıkmaktadır. İkinci soğuk su kaynağı, Kirç kaynağıdır. Debisi 92 h/sn (14.11.1986) olan kaynağın kotu 320 m. yükseklikte olup, bu da kireçtaşları içerisinden çıkmaktadır.
İlçedeki tek sıcak su kaynağı Eşeler köyündeki Ilıca suyu ise 26ºC sıcaklıkta ve 1.5 h/sn debisindedir.